Четвёртая мировая война произошла совсем не так, как многие её ожидали. Необычный взрыв, который обхватил весь мир шиноби. Все ниндзя вернулись в прошлое. Никто не понимал, что случилось. Неужели это шанс всё изменить или нет? Но с их появление исчезли они из прошлого, как дети.
До  того, пока  мы  начнём  об  объявлении, желательно  рассказать  одну  историю… даже  нет, легенду. Слышали  ли  вы  о  великом  Рикудо? Так  вот  эта  легенда  о  нём  и… о  его  учениках. Да-да, у  него  были  ученики. Казалось  бы  зачем? Такой  великий  человек  и  зачем  ему  ученики? Но  если  посмотреть на  учеников  сейчас, они  вместе  ничем  не  хуже  самого  Рикудо.  Каждый  из  них  владеет, какой-то  определённой  способностью, которая  уже  давно  утеряна. Да  и  каждый  из  них  владеет  одной  стихией  настолько  хорошо, что  управляет  ею  без  печатей. Это  поистине  удивительно, но  этого  и  стоило  ожидать  от  его  учеников. Ну  вдаваться  в  эту  легенду  не  будем, и  снова  перейдём  на  реальный  мир.
Объявление, которое  прозвучало, было  сказано  одним  из  учеников  Рикудо… Удивлены? Ничего  другого  и  не  ожидалось… Но  вас  поразит  больше, что  именно  он  сказал. Он  объявил: «Нам  было  приказано, стабилизировать баланс между злом и добром. Зло перешло грань!».
Все шиноби слышат голоса этих самих учеников, в котором говориться, что шиноби должны победить Тоби и тогда у них будет шанс вернуться назад. Все не понимали, что происходят. Но ясно одно, что они появились тут только для того, чтоб изменить историю.
Тоби узнаёт о мече, который высасывает чакру с противника, он был потерян во время третьей мировой войны. Наши герои хотят помешать, чтоб меч не попал ему в руки, но не только он хочет овладеть им. Есть шиноби (из прошлого) который тоже за ним охотиться, тот же Орочимару.
В Амегакуре Яхико, Нагато и Конан сформировали организацию, сражающуюся против Ханзо и его приспешников. Многие сильные шиноби живы, но что делать нашим героям. Рассказать всё, тем самым изменить прошлое или остаться здесь навсегда, никому ничего не рассказывая?
Также шиноби из настоящего берут действия в третьей мировой войны, защищая свою страну. Каков исход будет? Смогут ли наши герои вернуться назад?